Лабораторийн үндсэн зорилго нь мах, махан бүтээгдэхүүний судалгаа, хөгжүүлэлт болон хүнсний аюулгүй байдлын чиглэлээр судалгаа, эрдэм шинжилгээ, сорилт туршилт хийхэд чиглэдэг. Хүнс, малын тэжээлд зооноз ба хүнсний халдвар, хордлого үүсгэгч бактери илрүүлэх ариун цэврийн микробиологи, молекул биологи (PCR), маханд МЭАЦМШ, хими физик, биохимийн шинжилгээ хийх зориулалтаар тоноглосон.